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SARS-CoV2 - Coggle Diagram
SARS-CoV2
Généralités
Nom virus donnée par Comité International de Taxonomie = SARS-Cov2
Nom maladie donnée par OMS = Covid-19
Coronavirus a 4 genres α- β- γ- δ -> H infecté par alpha et betacoronavirus et les 2 autres sont des virus aviaires, virus ancien
Bétacoronavirus -> 4 classes : A (embecovirus), B (sarbecovirus) C (merbecovirus) et D (nobecovirus)
=> SARS-CoV2 = bétacoronavirus du sous-genre sarbecovirus
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Ts ces virus ont émergé et donné une pandémie :
- NL63 émergé au XIII
- OC43 pris pr grippe russe de 1890 a émergé en 1860
Ce sont des virus qui se maintiennent dn pop humaine, ts issus de la faune sauvage et certains sont passés par hôte intermédiaire
Virus avec + gd ARN composé de 30 000 nt -> qd se répliquent, génèrent des mutat° et quasi-espèce, trans discontinue càd peut donner des recombinaisons génétiques mais pas de réassortiment génétique => haut potentiel adaptatif
Particule virale
ARN au centre entouré par nucléoprot, prot int peuvent être ciblée par dvpr vaccins puisque génère certains nb Ac + rép lymphocytaire T mais comporte pas épitope neutralisants. Ac-Ag jouent rôle indirect dn protect°
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Prot S "spike"
Trimérique, ouverture +:- imp du trimère avec un accés +:- imp à endroit qui va assurer entrée dn cell en se liant au rc ACE2
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Ces deux parties doivent être clivés lors entrée dn cell, partie glomérulaire porte RBD (rc binding domain) -> partie qui va s'attacher au rc ACE2présents à la surface cell
Régions portent bcp épitopes neutralisant c rég° NTD qui mime vaccin afin de générer des prot avec épitopes neutralisants et générer des Ac protecteurs
COVID-19
Rc = ACE2 qui intervient dn syst rénine angiotensine, mol présent dn nbx compartiments
Principalement maladie respiratoire mais aussi des lésions (niveau cœur, poumons, reins) avec infect° des cell endothéliales + gros troubles des voies de l'hémostase
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Variants
Surveillance : politique de surveillance SCHEMA
15 millions de séq déposées sur base GISAID = base suisse accueillant toutes séq mondiales de SARS-CoV2 afin de pv comparer virus
Nomenclature : lorsqu'on a séq complète, utilise outils bioinfo qui sont soit nexstrain soit pango => chacun sa nomenclature + celle OMS avec lettres grecs
Relat° phylogénétiques
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Variants qui ont fait vague en Fr -> alpha, delta et omicron
Virus peut se diversifier et varient peut émerger à partir branche cousine peu représentée
-> variant Omicorn est arrivé et s'est diversifié => diff vagues
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Vagues épidémiques variants-> pas la même partout car pas rencontré les mêmes virus + histoires imunisat° pas même mais quand même réussi à faire vaccins et médocs qui arrivent au bon moment pr limiter formes graves
Au cours de ces variants, peut voir sur prot S qu'il y a une accumulat° de mutat° qui a fait de ce virus des variants d'échappement => pose q° -> est-ce qu'il est transmissible ? est-ce qu'il donne tableau clinique peu sévère ? est-ce qu'il va répondre aux vaccins ?
Omicron
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Se multiplie dn voies respi hautes - bas -+ pop vacciné -> infect° respi haute avec diminut° formes sévères = voie endémisat°
Dn vague -> diminut° nb hospitalisat° en réanimat° => stratégies plus du tt même comme observe de infect° peu sévères faut juste protéger pers à risque c immunodéprimés
Circulat° variant Omicron est quasi-exclusive à échelle mondiale -> 99% séq déposés sur GISAD entre mi-déc 2022 et 9 janvier 2023
Omicron BA.5 est variant majoritaire qui circule depuis plusieurs mois, il y a des sous-lignages détéctés
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XBB 1.5 est un recombinant qui circule dt proportion augmente, à échelle mondiale
Asie puis USA (New-York), puis en Europe
Variant à part d'échappement immunitaire mais qui ne provoque pas formes graves => va ressembler aux autres virus
Actuellement on a peine 4% de détect° sur ts test COVID-19, indicateurs de circulation sont en baisse