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Virus à tropisme respiratoire - Coggle Diagram
Virus à tropisme respiratoire
Introduction
Généralités
Infect° respiratoire aiguës (IRA) = + fréq en pop hulmaien -> transmission facile et impact sociétal -> 40% absentéisme pro et 30% scolaire
Nb IRA chez pers/an :
Enfant 1-4 ans -> 8 IRA/an
5-9 ans -> 6 IRA/an
10-19 ans -> 5 IRA/an
Adulte -> 2 à 4 IRA/an
On rencontre au moins un variant de chacun virus avec 5 ans -> obligatoire, primo-infection à lieu pdt petite enfance puis on a des réinfections au long vie via diff variants
Vaccins et antiviraux disponible pr virus influenza A/B et SARS-CoV2
Diff virus
TABLEAU
Détectables par test mol « multiples » qui à partir 1 prélèvement détecte ensemble virus mais pas tous les virus car pas ancêtres communs et de rég° génétique communes
Majorité virus respiratoire sont virus à enveloppé à ARN -> ARN est copié par ARN pol ARN dépendantes mais aps de systématiquement réparat° => intro multiple mutat° => pop virus hétérogènes = « quasi-espèce »
ARN peut être linéaire ou segmenté, de polarité + ou -
Polarité + -> trad directement dn cell
Polarité - -> fabriquer ARN + et virus doit voler coiffé des cell pr débuter trad
:warning: existe virus dt site réplicat° pas préferentielles dn voies respiratoires mais qui peuvent donner des pneumonies -> rougeole et varicelle
Circulat°
Virus sont ubiquitaires
Virus «
endémisés
» -> virus dn pop humaine depuis lgtps, circulent selon climat et saisonnalité lié à l’aire géographique et symptomatologie peut être sévère dn pop à risque
Virus «
émergence pandémiques
» ->
choc de émergence
un virus qui arrive dn pop et qui vont uniquement sujet non immunisé et vont subir primo-infect° -> temps de alerte sanitaire ayant pr but limité nb mort, virus va s’adapter têt de diversifier via divers variants adaptat°
Temps de endémisat°
-> virus va prendre à rythme avec installation d’épidémies saisonnières associé à réduc sévérité
Ex virus émergeants pandémiques :
Infleunza A H1N1 en 1918
Influenza A H1N1 variant en 2009
SARS-CoV2 en 2019
Risque émergence et pandémique sont constants d’où l’intérêt d’une surveillance permanente
IR hautes/basses
Signes respiratoires tels que dyspnée, douleur, écoulement nasal accompgné syndrome pseudo-grippal -> signes qui sont liés 1eres lignes de défenses -> fièvre, fatigue, frissons, céphalées, courbatures, asthénie et anorexie
Le + svt contaminé par muqueuses dn voies aériennes hautes + avoir diffusion vers arbre respiratoire bas où virus se multiplie
Virémie = passse virus dn sang est rare
Certains virus c influenza H5N1 et MERS-CoV -> tropisme préférentiel pr arbre respi bas via présence rc spé
Infect° par virus respi => inévitable => important ce d’un vaccin pr limiter formes graves
Diagnostic virologique utilise même outils pr détecter virus -> ce qui change est nat prélèvement t’aspirât° trachéale/bronchique, faire liquide bronche-alvéolaire) + c° interprétâtes° résultas diff selon tps prélèvement et déla examen virologique
Cell cibles -> cell épithéliales ciliées respiratoires -> très efficace c défense primaire pr rejeter à ext microbes et particules + cell à mucus qui piègent les virus => pas diffuser
N’existe pas se spécificité clinique permettant de connaître le virus infectant resp symptomatologie
Pr se soigner -> utiliser anti-infectieux dirigés contre tel ou tel virus -> pas encore antiviraux à spectre large
Transmission interhuamien
Qd parle émet diff gouttelettes qui s’en posent selon leur d +/- loin + aérosols qui ont portée + élevée -> si aérolithes imp dn pièce avec foule -> peu être infectant plusieurs heures
On se contamine également avec toucher
Phénomène complexe dépend plusieurs facteurs
Concernant émetteur : charge virale haute ? Action ? Respire, tousse, éternue, chant, crie ?
Concernant receveur : immunité préexiste ? Croisée ? Locale ? Immunodépression ?
Disante ? Durée du contact ? C° ambia,tes (T°, hygrométrie, vent) ?
Quelle est dose infernale, soit charge virale à inhaler pr déclencher infect° ?
Étudier transmission -> utiliser marqueur R0 = nb de reproduction
Microbiome respiratoire
Microbiome = habitat + microbiote comportant bact, virus et champi
Cell humaine -> 1 bact, 5-10 virus et 0,1 fongique
Longtemps poumon a été considéré c organe stérile à tort
On parle de - en - sujets sains masi plustot « sujets infecté symptomatiques » ou « sujest Infectés asymptomatique »
Arbre respiratoire
Structure complexe
Rôle = échange gazeux
Enfants infectés de façon multiple -> établit lien entre infect° virales banales et infect° chroniques type asthme
C° diff selon diff parties du tractus respi expliquant diversité des pop bactériennes. Arbre respi => niche complexe
Existe des déterminas du phénotype infect° virale => asymptomatique ou avoir infect° « sévère » -> trouve polymorphisme génétique de hôte, histoire immunitaire hôte, fonctionnement respi pouvant être altéré et virus
Virus respiratoire syncitial (VRS°
Généralités
= pneumoviridae soit virus enveloppé à ARN linéaire et polarité -
Infecte toutes tranches d’âges
Petits nourrissons , VRS resp Bronchiolite caractérisé par sifflements expiratoires c « sibilants » -> forte augmentat° des hospitalisat° des nourrissons
Il y a ni antiviral ni vaccin contre VRS, pas de surveillance systématique mondiale -> 2 vaccins sont en phase III pr sujets de + 65 asn -> vaccin anit-RSV priorité OMS
Impact mondial
60-70% enfanst infecté au cours 1ere année de vie
90-100% à la fine de 2nd année de vie
Plus de 93% infect° respi virales basses sont dues VRS
99% mortalité due au VRS surviennent dn pays à bas ou moyen niveau de ressources
VRS fardeau hospitalier
Complicat° Bronchiolite -> épisode de respiration° sifflante et asthme dn année suivantes + otites virales
Bronchiolite due au VRS = 1ere cause hospitalisât° cher enfants -de 1 ans aux US
Facteurs risque de sévérité : Prématurité, maladie pulmonaire chronique, cardiopathies congénitales, déficit neuro-musculaire, &fixité immunitaires et syndrome de Down
Plupart des hospitalisatIon dues au VRS surviennent chez nourrisson en bonne santé et nés à terme
Structure VRS
= virus ARN entouré de nucléoprotéine N + posséde complexe de réplicat°
Prot N et L pas encore utilisé c cibles thérapeutiques
Enveloppe virus contient 3 glycoprot de surface -> prot F et G assur,t attachement du virus au rc cellR et fusion mb
Cultive VRS sue cell in vitro -> larges syncytias = cell géantes muktinuclées, CPS in vivo observe rep inflammatoire imp
Diversité VRS propreté par prot G (attachement des cell) et prot SH => gène codant prot G utiliser pr étudier diversité
Fusion mb virale et cellR débute par chgt conformat° prot F -> passe état pré-fusion vers état post-fusion
Prot pré fusion F = cible de dvpt Ac monoclonaux + vaccins
Prot F est bien conservée
2 groupes VRS : VRS A et VRS B
Circulat° VRS
Ubiquitaire et circulation varaible selon aire géographiques
Nov à mars dn hémisphère Nord -> VRS À/B circulent en même temps que autre virus respi => imp des co-decet° virales uniquement détectables avec utlisat° PCR multiplex
Virus influenza humain
Généralités
Virus grippaux -> famille Orthomyxoviridae -> virus enveloppé à ARN segmenté (possible évolut° par rassortiment génétique c Rotavirus) et polarité -
6 genres : Influenzavirus A (mammifères, oiseaux), Influenzavirus B et C (humain), new genre D (porc et bovin), Thogotovirus et Isavirus
Seul virus influent A resp émergence pandémique -> 2 sous-types -> H1N1 et N3N2
Grippe B > 2 lignée Victoria et Yagamata
=> vaccin représente ces 4 types
Grippe C -> circule peu et pas surveillé
« Veille maladie »
Virus a été identifié en 1931 chez porc
Descript° « influenza di Freddy » au XVIII = maladie respiratoire contagieuse survenat par temps froid et humide
Descript° épidémies grippales par Hippocrate au V avt JC
Grippe espagnole
1918-1919 -> 1 des + gdes catastrophes sanitaires -> 1/3 pop mondiale infectée = 1,5 milliard pers
20 à 40 millions de mors
Pas antibiothérapie pr surinfect° bactériennes + surmortalité chez 20 à 40 ans qui dvp une pneumonie hémorragique fatale
Apparition pandémies
Épidémies annuelles assez irrégulières en intensité selon années, survient en hiver, nov, mars et durent 8 à 10 semaines
Épidémies annuelles génrés par émergence new variants
Épidémie massive touchant ensemble planète = pandémie liée à apparition d’un new virus dn pop
Pandémies grippales
SCHEMA
Actuellement circulent H1N1 pandémique de 2009 et H3N2 qui a émergé dn années 1968 (avait fait 30 000 morts en France)
Virus influenza A
Structure
8 segments du génome entouré de nucléocapside, matrice, enveloppe et 2 type de prot enveloppe (carte identité virus)
Hémagglutinines (H) -> 18 sérotypes (H1 à H18) -> permettent au virus de s'attacher à la cell, portent des épitopes neutralisants qui vont générer des Ac protecteurs contre ce variant (but vaccinat°)
Neuraminidases (N) -> 11 sérotypes (N1 à N11) -> détruire rc
Virus va rentrer dn cell par prot H, va se multiplier et qd va sortir cell, port N va cliver les acides sialiques pr que virus ne réinfecte pas même cell et diffuse => prot N et H = couple fonctionnel
Distribut° H et N
Oiseaus aquatiques -> 144 combinaisons = réservoirs énorme de virus influenza A
Homme n'a rencontré que H1 et H2 et H3
Oiseaux sauvages infectent oiseaux élevage qui infectant H qui peut être aussi contaminé par le porc
Aussi cheval, phoque et chien
Nomenclature SCHEMA
Hémagglutinine HA
Rôle est la reconnaissance du rc
Rc = acides siliques -> 2 types -> acides sialiques reliés au glucose par une li alpha2.3 ou alpha 2.6
Alpha 2.3 -> chez homme dn voies respiratoires basses, chez oiseaux et porc (oie respi haute)
Alpha 2.6 -> homme dn voies respiratoires hautes et porc (voie respi hautes)
Virus qui préfèrent infecter voies respi hautes (alpha-2.6) qui donnent des infect° peu sévères mais diffusent vite
Virus H5N1 = virus aviaire (alpha 2.3) qui peuvent infecter H mais cas sévères mais peu transmissibles
Franchissement de barrière d'espèces hypothétiques à origine des virus influenza pandémique (SCHEMA)
Evolution
Par glissemnt antigénique "drift" -> mutat° sur gène qui code hémagglutinine -> chgt d'épitope à la surface cell => plus reconnu par Ac produit saison précedente => perte imunité protectrice acquise qui peut entrainer enw épidémie avec possibilité infecter tte pop
Par cassure "shift" -> 2 virus grippaux proches infectant même cell et prod virus chimère -> réassortiment génétique = échange mat génétique entre 2 ou + virus infectant même cell
Faut combinaison gène soit efficace à ttes étapes du cycle de multiplicat° pr que virus persiste et se transmette
Ex : virus influenza A H1N1 (2009) = réassortiment avec virus infectant porc qui est lui une chimère entre 3 types de virus dt H3N2 (humain) qui s'est retrouve dn H1N1 (porc) => gène qui proviennent de diff sources