Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Una delle caratteristiche più importante in ambito sperimentale del DNA è…

- - - - La COMPOSIZIONE DI BASI che costituiscono al sequenza del filamento costituisce un fattore da tenere in considerazione nella rinaturazione di quest'ultimo dal momento che gli appaiamenti di basi G-C e C-G sono legati tra loro da 3 legami a idrogeno sviluppando quindi una maggiore forza di coesione dei filamenti
        
        Quindi maggiore sarà la % di G-C e C-G rispetto al totale più alta sarà l'energia necessaria per denaturare il doppio filamento.
      - Il PESO MOLECOLARE della sequenza in questione che in realtà viene usato come indice della lunghezza della catena, vero fattore influente.
        
        Una sequenza più lunga avrà sviluppato un maggior numero di legami H tra le basi per cui sarà necessaria una maggiore energia per raggiungerne la maturazione.
    - - pH: la variazione del pH và a influenzare gli equilibri di protonazione propri delle basi azotate
        
        La timina ad esempio a pH=4.3 raggiunge il suo equilibrio di protonazione andando a protonare il suo N con doppietto nell'anello.
        
        Questo è fondamentale dal momento che la protonazione o deprotonazione di alcuni gruppi funzionali fanno si che non si possano instaurare i legami H tra le basi azotate, andando quindi a renderne più facile la denaturazione.
        
        Nella pratica poi si preferisce usare soluzioni basiche dal momento che è più facile lavorarci
        
        Almeno per quanto riguarda il DNA perchè all'RNA succede una cosa particolare: dal momento che l'RNA mantiene il suo OH sul C2, questo viene privato del suo protone dall'ambiente alcalino e quindi il neo-ossianione formato sul C2 attacca il fosfato sul C3, legandosi e idrolizzando la molecola.
        
        Si forma a questo punto l'intermedio fosfodiestere ciclico in cui il fosfato è legato al fosfato dal C2 e dal C3.
      - FORZA IONICA: anche la forza ionica, intesa come la quantità di ioni presenti in una soluzione và ad influenzare la denaturazione del DNA ma in modo inversamente proporzionale
        
        Difatti gli ioni, specialmente i controioni positivi, quando presenti nel bagno vanno a rafforzare la stabilità del doppio filamento in quanto si vanno ad associare ai gruppi fosfato dei filamenti di DNA, andando a eliminare le forze di repulsione tra i fosfati dei due filamenti che li portavano a respingersi a vicenda
      - TEMPERATURA: la temperatura aumenta l'energia cinetica delle molecole che a un certo punto si muovono a livello tale da rompere tutte le energie di coesione del filamento e denaturarlo
        
        Tramite l'effetto ipercromico è possibile calcolare la TEMPERATURA DI MELTING che in realtà dipende da tutte le grandezze sin adesso citate.
        
        Per temperatura di melting si intende il valore di temperatura a cui il 50% di un determianto campione di DNA è denaturato
        
        Più che essere importante in realtà per la denaturazione è più importante per capire a quale temperatura far avvenire la rinaturazione.
        
        Se la denaturazione infatti è un processo molto rapido che può avvenire anche a temperature più alte di quella di melting, la rinaturazione è un processo molto più lento e delicato che deve essere gradatamente attuato nei pressi della temperatura di melting
        
        La velocità di rinaturazione è infatti estremamente dipendente a seconda dalla natura del filamento di DNA in questione, al punto tale che la velocità di rinaturazione storicamente è stata utilizzata come parametro per capire qualcosa riguardo la natura del filamento
        
        2 more items...
  - - - Tuttavia le basi azotate non impiegate nella formazione di legami a idrogeno sono più propensi ad assorbire la luce rispetto a quelle impegnate nella struttura secondaria. A un eventuale variazione dell'assorbimento dello stesso DNA questo è imputabile a un aumento del grado di insaturazione dello stesso, per questo viene usato.
        
        L'entità dell'assorbimento è del 50% superiore a parità di [DNA] nel DNA denaturato e quello in cui non lo è