Sự phân hủy xác các sinh vật sống thành chất hữu cơ bị ngấm xuống đất, lâu dần ngấm tới mạch nước ngầm, hoặc xác chết các sinh vật trôi nổi cũng khiến nguồn nước bị ô nhiễm trực tiếp. Đặc biệt, với một hệ thống nối liền của các dòng chảy ao hồ, kênh rạch,…khi các thiên tai, thảm họa thiên nhiên xảy ra như lũ lụt, mưa bão,…rác thải sẽ dễ dàng bị cuốn trôi và phát tán nhanh chóng, khó khống chế.