De um modo geral, a flora bacteriana na colangite aguda é polimicrobiana. A E.coli é a principal bactéria Gram-negativa isolada (25% a 50%), seguida pela Klebisiella (15% a 20%) e Enterobacter (5% a 10%). E, entre as Gram-positivas, as mais comuns são as espécies de Enterococcus (10% a 20%). Bacilos Gram-negativos (ex.: Pseudomonas) e anaeróbios, como Bacteroides e Clostridium, também podem estar presentes como parte de uma infecção mista.