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Trascrizione - Coggle Diagram

- - - - la tata box, il fattore TFIID riconosce e lega la tata box, questo complesso recluta il fattore TFIIB, denatura ... esponendo il flamento template, successivamente fa degli inizi abortivi, il fattore TFIIH fosforila rna polimerasi 2, cambia la sua conformazione la quale viene rilasciata dai fattori generali, iniziando da solo
        
        proteina attivatore che richiede l'enhancer, la usa come ponte per avvicinarsi al complesso del rna polimerasi, ai fattori generali di trascrzioione, delle proteine mediatori, i fattori di rimodernamento della cromatina ed enzimi che modificano gli istoni, ciò affinchè la trascrizione parta
        
        i mediatori mediano la relazione tra la gran polimerasi con l'attivatore che regola l'enhancer, cambiamenti comformazionali, con ciò si può spostare la natura di quel nucleosoma attraverso l'uso dei complessi di rimodernamento della cromatina, tra cui sliding del nucleosoma, facendolo scivolare liberando la posizione.Le code degli istoni possono essere modificate nelle lisina, alterano la carica degli istoni, rilassare (ridurre la quantità di cariche positive)
        
        la demetilazione del promotore, le isole CpG se vengono metilate l'espressione viene bloccata, mentre se è ipometilato aumenta l'espressione. Il dna mutilato richiama a se proteine che devono compattare la cromatina, quindi la mediazione chiude il promotore che non è più esposto, controllo diretto sulla trascrizione
        
        si riconoscono delle sequenze e l rna poliemrsai si stacca. Riconosce una sequenza bersaglio (terminatrice) una proteina aiuta per il riconoscimento, l'esonucleasi destabilizza la polimerasi, la quale viene rilasciata dal templato. C'è sempre bisogno di un segnale
  - - - un precursore 45S, riceve delle modifiche chimiche, avviene un taglio
  - - - TFIIH
        
        CTD, senza questa regione non vi è trascrizione
        
        esclusiva per rna polimerasi 2, fatto da 52 ripetizioni in tante di 7 amminoacidi (104 serine, imporatanti per alcuni processi, vengono fosforilate), nella regione del promotore, la trascrizione è controllate dalle sequenze enahncer (regioni che reagiscono in cis, ovvero la regione che deve controllare il promotore si trova sullo stesso cromosoma, trans agisce sull'altro cromosoma, l'omologo) può stare prima o dopo il promotore, sono legate a fattori di trascrizione che possono interagire direttamente o indirettamente con il promotore, queste sequenze vengono riconosciute da proteine attivatrici, può funzionare in ogni parte e distanza del cromosoma, anche con orientamento diverso dal promotore, avvicinare i fattori di trascrizione al promotore
      - fattori generali
      - TFIID
        
        fatto da una serie di subunità, TBP (tata binding protein) riconosce la tata box ma non la lega; e TAF
        
        riconosce il legame dna/con altri fattori di trascrizione
- - - - forte
        
        lavora tanto, alta processività,
      - debole
        
        codifica proteine non necessariamente abbondanti, ne bastano poche per cellula
      - sequenza consenso, più evidente, più alta è la percentuale del nucleotide più è ... . Tata box, sequenza posizionata ad una distanza di 5/9 bp dall'inizio della trascrizione dei geni, al 95% la prima base trascritta è una purina, si trova a -10 paia di basi (generalmente) dall'inizio della trascrizione, a -35 vi è un altro elemento, distante 17/19 paia di basi dalla tata box, il 90% di questi è purinico
        
        può utilizzare entrambi i filamenti, in base a quale sceglie, definirà quello templato e non
    - - E.coli ha 7 fattori sigma, ciascuno di essi riconosce promotori che hanno determinate funzioni, alcuni specializzati in promotori per la sintesi del ferro, (determinati trascritti)
      - il fattore sigma da specificità, riconoscendo promotori di una stessa famiglia, è anche una specie di innesco
  - - - la trascrizione inizia con eventi abortivi, dei trascritti di 10 nucleotidi (parte e si ferma, cerca di conformarsi meglio al promotore), dopo ciò è capace di abbandonare il promotore e di iniziare la trascrizione, si muove lungo il dna, apre la doppia elica, dietro si riforma e si stacca con sequenze di terminazione, riconosce delle sequenze di stop, l'una che nasce assume conformazioni destabilizzando l'una polimerasi, soggetti bersaglio di endonucleasi
      - unità trascrizionale, termina l'rna, caratterizzata dal promotore e terminatore. La regione del promotore ... .
      - i procarioti non hanno tanto materiale genetico
  - - - primo riconoscimento delle regioni G+C, molto forte, formazione di una struttura secondaria, segnali che fanno staccare l'rna
    - - interviene una proteina (rho, ATP dipendente), fattore che lega l'rna al sito rut, trasloco lungo l'rna fino a raggiungere l'ibrido rna-dna, rho sbroglia il dna rilasciando l'rna
- - - - aprire la doppia elica e far si che una di esse venga utilizata come stampo mantenendo la complementarità (quella prodotta è complementare a quella iniziale), vi sono due stampi quello utilizzato (template) e quello non utilizzato (non template)
        
        ci può essere un processività del rna
      - con il procedere della trascrizione, si riforma il dna, in modo da poter far partire un'altra trascrizione
- - - - funzione di preservare l'rna dalla degradazione dal 3' (opposto al capping), modulata da un fattore (endonucleasi) che taglia e una poli A polimerasi, aggiunge una sequenza di poli A. Le proteine CstF e CPSF, si legano alla CTD che poi si sposta sul RNA, sulla sequenza di ... . La poli A, è una polimerasi specializzata non replicativa ed utilizza A come stampo e come nuova sintesi
    - - processo fondamentale, consente di produrre un rna messaggero codificante, rimozione degli introni, alla fine avremo un rna maturo il quale sarà lo stampo della nostra proteina
        
        sito donatore 5' e sito accettare 3'
        
        inizia dalla A, con il 2'HO, l'OH attacca l'esone 3'
        
        il complesso che regola tutto lo splicing è lo spliceosome, presenti egli rna complessati per formare il snRNAs, queste proteine riconoscono sequenze specifiche (esone, introne) lega a livello della giunzione tra ogni banda introne espone, questo appaiamento rigurderà tutte le proteine dello spliceosome
      - splicing alternativo
        
        riarrangia in maniera alternativa rispetto alla sequenza canonica
        
        aumenta la capacità dei geni di adattarsi a delle condizioni, particolare sviluppo di un organismo
        
        presenza di introni che possono essere rimosse, scopo di creare più rna diversi, avviene fisiologicamente
        
        due esoni, ritezione dell'intorno, il quale non viene splicaeto, quando avviene un fenomeno di frameshift è possibile incontrare codoni di stop,
        
        può determinare un riarraggiamento degli esoni, l'rodine da 1 in poi deve essere conservato, si può saltare un numero ma
        
        l'ordine della sequenza esotica deve essere rispettato (eccezione nel RNA circolare)
      - in maniera abberrante, non doveva avvenire
    - - cappello a 5', si forma durante la trascrizione con l'avanzare del rna polimeerasi sul dna, è importante per la maturazione del rna sul nucleo, funzione principale proteggere, si formano legami 5'-5' trifosfato, il cap una 7-metil-guanosina, permette di distinguere gli rna messaggeri da altri, la polimerasi 1 e 3 producono rna senza cap, il complesso CBC lega il cap,