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Replicazione DNA - Coggle Diagram

- - - - proteine che riparano i danni al dna, se compromesse non permettono la riparazione (es. Brca1 Brca2)
- - - - replisoma (per ogni senso in cui scorre la forka), elicasi, proteine
        
        orogine dii replicazione (245 bp) inserito in un plasmide, proteina iniziato, sezione minima essenziale per far partire la replicazione, la sequenza consenso, tre sequenze tandem se prendessimo l'origine di replicazione di molti batteri, e se le allineassimo hanno sempre le stesse (quasi mai al 100%), posizioni, alcuni nucleotidi sempre alla stessa posizione altre non sempre, lei ottiene dall'evoluzione e ci dice che nella stessa posizione esiste sempre/quasi sempre lo stesso nucleotide
        
        la proteina DnaA, (20) si attacca all'iniziatore legando le 5 sequenze, il complesso ... lega le 11 basi (sequenze consenso), si denatura la regione dell'origine entrando l'elicasi (DnaB), la DnaC porta l'elicasi sul Dna, mentre e
        
        il secondo livello di controllo, il dna subisce la mutilazione (si aggiunge un gruppo CH3 alla citosina, contesto C-G) controlla l'attività dei geni, ipermetilati sono promotori azzeccati non parte, ipometilati invece ...,
        
        la cellula non deve riutilizzare un secondo iniziatore perché non troverebbe i nuntrienti, bisogna prima assicurarsi che le origini dell'iniziazione sono tutte metilate
        
        tutti e due i filamenti sono metilati, avviene la duplicazione, si crea un primo stadio filamento parentale, più quello di sintesi si forma lo stato di ..., la replicazione non può andare avanti, la proteina SeqA si lega alle regioni emimetilate e le tiene in uno stato transitorio, dopo il controllo, le regioni emimetilate, diventano metilate, metilate dalla Dam, non può più replicare finché non finisce il ciclo. (doppio controllo, prima nutrienti, tutto funziona, dissocia la SeqA, riconosce le zone metilate e le emimetilate, quando parte la reazione la Dam metila dissociando la SeqA, garantisce che si eviti la produzione di genomi in eccesso)
    - - l'origine di replicazione, la forka replicativa si muove, raggiungendo la parte opposta l'origine di replicazione
        
        incontra delle sequenze (TER), 23 paia di basi, sono un segnale per la proteina Tus, la quale riconosce e si piazza sopra bloccando la forma replicativa dissociando l'elicasi, la forma replicativa quando incontra la proteina bloccando la sintesi del frammento guida (leading), il legging rimane e viene sintetizzato e la forka replicativa
        
        si hanno più siti, tre per ogni fork replicativa, quando
        
        la fork sreplicativa si ferma ...
      - eucarioti
        
        ogni ciclo di replicazione sul filamento leading, l'ultimo primer, quando finisce la polimerizzazione, perdiamo un pezzo, ai due lati del filamento lineare vi sono i telomeri, per evitare di perdere parti del Dna
        
        incappucciare le estremità è essenziale per evitare la degradazione da parte dell'esonucleasi, il sistema di riparo del dna cerca di intervenire, se ciò avvenisse potrebbe allungare o digerire, con questo cappuccio ciò viene bloccato
        
        la telomerasi, enzima ad RNA, ha la capacità di fare la reverse-transcrittasi, utilizza un stampo di RNA per farci uno stampo di DNA, all'interno della telomerasi si crea una complementarità, interviene una DNA polimerasi alfa, (non replicativa), legge la sequenza, partendo in maniera complementare
        
        le telomerasi possono anche essere attivate da geni oncogeni. Anche le telomerasi invecchiano perdendo la loro funzionalità
  - - - formazione di un complesso pre-replicativo (fase G1), composto da ORC, elicasi, successivamente intervengono le fosfolirazione (2) delle proteine di alcune chinasi, attiva l'elicasi e reprime l'ORC, definisce che la regione del''ORC non può essere riutilizzata, quando interviene una fosforilasi l'ORC può ri attaccarsi
- - - - i due filamenti vengono separati
        
        esperimento (20 minuti)
        
        metodo
        
        la coltura iniziale di ..., viene poi aggiunta ad
        
        risultato
        
        all'interno del tubo una banda sulla lastra situata in basso ..., ricentrifugato ed hanno visualizzato che la banda era al centro del tubo e quindi ha un peso intermedio e non più presente il doppio filamento, quindi più leggero di quella marcata localizzata più sotto, dopo del tempo si trovano due bande una centrale (più pesante) ed un'altra più sopra e più leggera,
        
        ipotesi
        
        conclusioni
        
        dimostra che è semi-conservativo e non dispersivo perché si trovano due bande,
        
        dna parentale, usato come template,
        
        alcuni enzimi attuano delle riparazioni, le quali non sempre sono efficienti
        
        reazione di fosforo
        
        dna polimerasi può sintetizzare solo direzione 5'-3'
        
        responsabili del processo di replicazione
        
        distinzione tra dna polimerasi, replicano in maniera massiva il dna con una fedeltà di copia molto alta, cercano di fare pochi errori
        
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        innesto ad RNA, (innesto a DNA, la dna polimerasi non lo vedrebbe come una cosa estranea), il sistema di replicazione lo riconosce come estraneo e attiva il sistema per rimuoverlo,
        
        ha bisogno di circa 10 nucleotidi, per partire, un oligo da almeno 15 nucleotidi per far partire
        
        dna primasi, enzima rna polimerasi, sintetizza rna
        
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        la sliding clamp è una proteina che si unisce alla clamp loader, la quale carica la proteina, permette la sintesi del frammento leading con facilità, poi si attacca la dna polimerasi al leading strand,
        
        l'elicasi, apre il frammento, SSB, lega il frammento di dna
        
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        dna topoisomerasi 1,
        
        dna topoisomerasi 2,
        
        negli eucarioti, cambia solo il nome degli enzimi che operano, ma il processo è lo stesso dei procarioti
        
        la dna polimerasi di tipo 1 è non replicato dopo circa venti minuti si attacca quella replicativa
        
        PCNA, marcatore per verificare la replicazione dei cellule tumorali
        
        dna replication fork, la fork replicativa (replicazione) si muove in due direzioni opposte, in base alla direzione sono sia lenti che veloci,
    - - utilizza lo stampo della parantela, per sintetizzarne uno completamente nuovo
- - - - forme transienti tautomeriche
        
        se non sono riconosciute dal sistema di controllo, interviene la DNA polimerasi
        
        meccanismo di proof-reading
        
        oltre ad avere attività polimerasica, hanno un livello di controllo dopo che è stata aggiunta la base, il Proof-reading mangia la base sbagliata, mentre la dna polimerasi prende la base giusta, nel caso in cui non riesca a controllarlo va avanti
        
        mismatched repair
        
        nel caso in cui due sistemi precedenti non siano riesci, interviene soltanto nello stand che sia formato ex-novo, si forma un mismatch, individuato un errore due proteine, Muts riconosce il cattivo appaiamento, Mutl si muove lungo il dna finché non incontra il nick (buco), rimuove il filamento di neosintesi, una volta eliminato il filamento, il sistema del DNA sintetizza un nuovo filamento. Nel leading stand non si conosce come la Muti trovi il nick. Funziona naturalmente nel lagging
        
        controllo di pre-replicazione
        
        si distingue la polimerizzazione (aggiunge) e la parte di editing (corregge), quest'ultima elimina gli errori, più facile fermarsi e aggiustare l'errore, più efficiente
        
        quando fa l'errore si blocca la polimerasi e parte la esonucleasi (insita nella dna polimerasi) che controlla dov'è l'errore (veloce), unico enzima con queste attività