Prokaryotní ribozomy jsou menší a mají sedimentační koeficient 70S, zatímco eukaryotní ribozomy jsou větší a mají sedimentační koeficient 80S. Tento rozdíl je způsoben velikostí podjednotek. Prokaryotní ribozom se skládá z malé 30S podjednotky a velké 50S podjednotky, zatímco eukaryotní ribozom se skládá z malé 40S podjednotky a velké 60S podjednotky.U prokaryot (bakterie, archea) jsou ribozomy volně rozptýlené v cytoplazmě, zatímco u eukaryot se nacházejí buď volně v cytoplazmě, nebo jsou navázané na drsné endoplazmatické retikulum (ER). Eukaryotní buňky tak využívají ribozomy k syntéze nejen cytoplazmatických proteinů, ale také membránových a sekrečních proteinů.