As enzimas fúngicas desempenham um papel fundamental na degradação de poluentes e resíduos orgânicos, contribuindo para a preservação ambiental e processos industriais sustentáveis. Entre as principais enzimas utilizadas, destacam-se as lacases, que oxidam compostos aromáticos como fenóis e corantes industriais, auxiliando na biorremediação de solos e águas contaminadas, e as peroxidases, como manganês peroxidase e lignina peroxidase, que degradam lignina e compostos tóxicos, como hidrocarbonetos e pesticidas. Além disso, estearases e cutinases são eficazes na quebra de ligações ésteres em plásticos como poliésteres (PET), promovendo a biodegradação de polímeros sintéticos, enquanto proteases e lipases atuam na decomposição de matéria orgânica, óleos e proteínas presentes em resíduos industriais e domésticos.