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TRASCRIZIONE GENICA, TF2F + POL, A CTD SI LEGA IL COMPLESSO MEDIATORE CHE…

- - - - C TERM: LEGA UP ELEMENT (PROMOTORE, POSIZIONE -40/-60)
      - N: TERM, LEGA LE ALTRE SUBUNITA' DELL'ENZIMA
    - - SINTETIZZA L'RNA (SITO CATALITICO), PRESENTA Mg++
    - - LEGA IL DNA IN MANIERA ASPECIFICA. PRESENTA Mg++
    - - STABILIZZA IL COMPLESSO CON UN MECCANISMO SIMILE A QUELLO DEGLI SHAPERONI MOLECOLARI
    - - REGOLA LA TRASCRIZIONE. LEGA IL COMPLESSO ENZIMATICO E AUMENTA DI MOLTO L'AFFINITA PROMOTORE-POLIMERASI. IMPEDISCE IL "DISTACCO" DELLA POLIMERASI
        
        4 ZONE FUNZIONALI
        
        1) DISCRIMINANTE, AUMENTA LA STABILITA' POL-PROMOTORE
        
        2) APERTURA DOPPIA ELICA, LEGA LA TATA BOX
        
        3) UTILE QUANDO LA TATA BOX E' ESTESA
        
        4) ELICA GIRO ELICA
        
        ELICA DI POSIZIONAMENTO, INTERAGISCE CON LO SCHELETRO ZUCCHERO-FOSFATO
        
        ELICA DI RICONOSCIMENTO, LEGA IL SOLCO MAGGIORE NELLA SEQ. -35 (PROMOTORE)
        
        GARANTISCE UN OTTIMO ALLINEAMENTO DELLA POLIMERASI (ALTRO MOTIVO PER CUI NON SERVE PRIMER)
        
        LA SUA PORZIONE N TERM. COPRE I SITI DI LEGAME COL DNA QUANDO NON C'E' NECESSITA' DI INNESCO
  - - - IL DNA VIENE SEPARATO SENZA CONSUMO DI ATP (MELTING)
        
        DOPO LA SINTESI DELLE PRIME 10 BASI (ABORTIVE) INIZIA LA TRASCRIZIONE VERA E PROPRIA
        
        LA FASE DI ALLUNGAMENTO E' ASSISTITA DALLE TOPOISOMERASI
        
        DURANTE IL PROCESSO SI ESEGUE PROOFREADING
        
        PIROFOSFOROLITICO
        
        REAZIONE INVERSA DELLA AGGIUNTA DI NTP, UTILIZZANDO IL PPi
        
        IDROLITICO
        
        RIMOZIONE ESONUCLEASICA
        
        GLI ERRORI NON VENGONO SEMPRE CORRETTI. SPESSO NON SONO PROBLEMATICI A CAUSA DELLA DEGENERAZIONE DEL CODICE GENETICO
        
        TERMINAZIONE
        
        RHO DIPENDENTE
        
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        RHO INDIPENDENTE
        
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        AVVIENE GRAZIE ALLA TORSIONE INDOTTA DALLA POL SUL DNA. SI APRE UNA FORCA E SI ESTENDE LA BOLLA DI TRASCRIZIONE
      - SE LE BASI DI INIZIO DEL PROMOTORE (-35) SONO MOLTO SIMILI A QUELLA DELLA SEQUENZA DA TRASCRIVERE IL PROMOTORE E' FORTE
- - - - POL I
        
        rRNA
      - POL II
        
        mRNA, snRNA, snoRNA, miRNA
      - POL III
        
        tRNA, snRNA
      - 4,5 PIANTE, SESTA CLOROPLASTI
      - 12 SUBUTINTA', IL CTD (C TERM. DOM) VIENE CONTROLLATO MEDIANTE FOSFORILAZIONE AD OPERA DI FATTORI DI TRASCRIZIONE
    - - FATTORI DI TRASCRZIONE ELEMENTI IN TRANS
      - FATTORI DI REGOLAZIONE ELEMENTI IN CIS (PRESENTI NEL DNA STESSO)
        
        PROMOTORE
        
        SITO DI LEGAME DELLA POL, DIREZIONA LA TRASCRIZIONE
        
        ENHANCER
        
        REGIONI CHE AUMENTANO L'ESPRESSIONE DEI GENI (DISTANZA E ORIENTAMENTO INDIPENDENTI)
        
        INTERAGISCONO CON LA POLIMERASI TRAMITE DEI LOOPING DEL DNA E TRAMITE UN COMPLESSO MEDIATORE
        
        SILENCER
        
        MECCANISMO ANALOGO E OPPOSTO AGLI ENHANCER
        
        ISOLATORI
        
        BLOCCANO LA TRASCRIZIONE DIVIDENDO ZONE DI CROMATINA CON DIVERSO GRADO DI COMPATTAZIONE
        
        SE INTERPOSTI BLOCCANO L'ATTIVITA' DEGLI ENHANCER
        
        LCR (LOCUS CONTROL REGION)
        
        REGIONI CONTENENTI DIVERSI ELEMENTI, AZIONE SPECIFICA. SPESSO SONO A MONTE DI UN CLUSTER GENICO
        
        MAR (MATRIX ATTACHMENT REGION)
        
        REGIONI DI ATTACCO A IMPALCATURE PROTEICHE USATE PER FORMARE AVVOLGIMENTI E SUPERAVVOLGIMENTI
    - - OGNI STEP E' INNESCATO DA UNA FOFORILAZIONE DEL CTD (Ser2 E Ser5)
      - IL FATTORE DI TRASCRIZIONE TF2D RICONOSCE TATA BOX
        
        LEGA TRAMITE LA SUBUNITA' TBP (TATA BINDING PROTEIN), LE 3 SUBUNITA' TAFs LEGANO LE ALTRE COMPONENTI
        
        TBP UTILIZZA UN BETA SHEET PER LEGARE IL SOLCO MINORE
        
        IL DNA SUBISCE UNA DISTORSIONE DI CIRCA 90°
        
        AL COMPLESSO SI LEGANO TF2A E TF2B
        
        TF2A STABILIZZA IL LEGAME TBP DNA
        
        TF2B STABILIZZA IL COMPLESSO TRAMITE LA STRUTTURA A DITO B
        
        NASCENTE COMPLESSO DI PRE INIZIO
        
        TF2H LEGA LA POLIMERASI
        
        FOSFORILA IL CTD SU Ser2 ED HA ATTIVITA' ELICASICA
        
        SI STACCA TUTTO TRANNE TF2D (PIATTAFORMA) E TF2H (ELICASI)
        
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  - - - CONTROLLANO LA CROMATINA (SI SFRUTTA IL GRADO DI COMPATTAZIONE, MODULABILE TRAMITE ACETILAZIONE O METILAZIONE DEGLI ISTONI)
        
        L'ACETILAZIONE NEUTRALIZZA LA CARICA + DI Lys, LA METILAZIONE STIMOLA LA DEACETILAZIONE
      - AGISCONO DA WRITER, ERASER O READER
    - - AVVIENE TUTTO TRANNE IL COMPLESSO DI REMODELLING, COMPOSTO DALLE PROTEINE SWI/SNF
        
        IL COMPLESSO SPOSTA I NUCLEOSOMI LUNGO IL DNA
        
        RENDE DISPONIBILI SPECIFICHE REGIONI DEL DNA PER LA TRASCRIZIONE
        
        IL COMPLESSO PUÒ RIMUOVERE COMPLETAMENTE I NUCLEOSOMI DAL DNA
        
        ESPONE LE REGIONI E NE FACILITA L'ATTIVAZIONE O LA REPRESSIONE GENICA
    - - COSTITUISCONO ENHANCHEOSOMI E REPRESSORI
        
        STRUTTURE MULTIPROTEICHE, AGISCONO SECONDO 4 MODELLI DI INTERAZIONE
        
        MECCANISMO COMPETITIVO
        
        IL REPRESSORE COMPETE CON L'ATTIVATORE PER IL LEGAME AL DNA, IMPEDENDO LA TRASCRIZIONE.
        
        MECCANISMO COMBINATO (INIBIZIONE)
        
        IL REPRESSORE UTILIZZA PIÙ STRATEGIE, COME IL LEGAME AL DNA E IL RECLUTAMENTO DI COREPRESSORI, PER POTENZIARE L'EFFETTO REPRESSIVO.
        
        MECCANISMO DIRETTO
        
        IL REPRESSORE INTERAGISCE DIRETTAMENTE CON IL COMPLESSO DI TRASCRIZIONE, BLOCCANDO L'ATTIVITÀ SENZA ALTERARE LA CROMATINA.
        
        MECCANISMO INDIRETTO
        
        IL REPRESSORE MODIFICA LA STRUTTURA DELLA CROMATINA, RENDENDOLA MENO ACCESSIBILE ALLA TRASCRIZIONE.
    - - IMPRINTING GENOMICO
        
        MECCANISMO SECONDO CUI ALCUNI GENI SONO ESPRESSI IN MODO DIVERSO A SECONDA DEL GENITORE DA CUI SONO EREDITATI
        
        IGF2
        
        VIENE ATTIVATO SOLITAMENTE QUELLO DEL CROMOSOMA PATERNO, SE SI ATTIVA QUELLO MATERNO SI PARLA DI IVERSIONE DELL'IMPRINTING
        
        LYONIZZAZIONE
        
        UNO DEI DUE CROMOSOMI, NELLE FEMMINE, E' QUASI COMPLETAMENTE CONDENSATO (CORPO DI BARR) E QUINDI INATTIVATO, PER IMPEDIRE ECCESSO CROMOSOMICO
        
        LADDOVE UN GENE SIA PATOLOGICO, LA DONNA PUO' UTILIZZARE IL SUO ANALOGO
- - - - AL TERMINE DELLA TRASCRIZIONE L'RNA VIENE ESPULSO E SOTTOPOSTO A PROCESSI DI MATURAZIONE
        
        LE SEQUENZE DI INNESCO E FINE SI CHIAMANO PROMOTORE E TERMINATORE
        
        A PARTIRE DALLA PRIMA BASE CHE PRECEDE LA SEQUENZA CODIFICANTE E PROSEGUENTO VERSO IL PROMOTORE SI NUMERA CON SEGNO NEGATIVO