Prognosis batu ginjal atau nefrolitiasis tergantung pada ukuran batu, lokasi, dan komplikasi yang dialami pasien. Batu yang berukuran kecil mungkin dapat keluar sendiri. Sementara itu, batu berukuran lebih besar dapat menyebabkan komplikasi berupa obstruksi saluran kemih hingga sepsis dan urosepsis. Batu ginjal yang berukuran 4 mm atau kurang, terlebih jika letaknya di distal, memiliki kemungkinan yang tinggi untuk keluar dengan sendirinya tanpa memerlukan intervensi medis. Semakin besar suatu batu maka semakin tinggi kemungkinan terjadinya obstruksi serta semakin meningkat kebutuhan intervensi medis. Batu yang letaknya lebih distal memang lebih mungkin keluar secara spontan saat pasien berkemih. Tetapi jika ukuran batu besar, maka batu bisa menyumbat ureter ataupun uretra.