Per gli enzimi, l’immobilizzazione avviene tramite legami covalenti, adsorbimento, reticolazione o inclusione in gel, permettendo l'accesso ai substrati e la separazione dal prodotto finale.
La standardizzazione dei processi in microbiologia industriale è cruciale per garantire la ripetibilità dei risultati. I parametri da monitorare includono temperatura, pH, concentrazione di ossigeno, CO2 e biomassa. I controlli possono essere off-line (esteriori al fermentatore) o on-line (in tempo reale), con l'uso di biosensori che rilevano variazioni biochimiche. Questi biosensori possono essere elettrochimici, termici, elettronici o fotonici.
La regolazione continua è preferibile per un controllo preciso, mentre quella discontinua avviene tramite interventi on/off. Inoltre, la formazione di schiuma può essere monitorata e controllata con sensori e agenti antischiuma. La temperatura è regolata tramite circuiti esterni o serpentine interne.