Assente nella maggior parte delle cellule vegetali, esso è un sacchetto ricoperto da una membrana pieno di enzimi digestivi, che degradano macromolecole come proteine, polisaccaridi, grassi e acidi nucleici. I lisosomi sono anche una sicurezza per la digestione delle macromolecole impedendo alla cellula di suicidarsi con gli enzimi digestivi grazie alla membrana ricca di gicloproteine.
Alcune cellule usano i vacuoli alimentari per racchiudere le sostanze nutritive, e i lisosomi si fondono con essi per liberare le sostanze nutritive per digerirle e nutrire la cellula, e, occasionalmente, distruggere sostanze nocive. Ne sono ricchi infatti i globuli bianchi. Inoltre ingeriscono gli organelli danneggiati della cellula per riusarne le sostanze.
Durante lo sviluppo embrionale, hanno anche la funzione di modellamento, es. distruggono le cellule che tengono unite le dita dell'embrione agendo tipo kamikaze.
I lisosomi mal funzionanti si riempiono di materiale non digerito, interferendo col funzionamento della cellula e al successivo decesso in età pediatrica.