Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Enzyme, Probing Carbohydrate-Protein Recognition - Coggle Diagram
Enzyme
Glycosidases (分解)
Exo-glycosidases
cleave terminal glycosidic bond
Endo-glycosidases
cleave internal glycosidic bond
Mechanism
inverting
先和Enz-1反應後脫去leaving group
Enz-1和Enz-2反應
retaining
具有enzyme的中間體 (醣-Enz)
同時和Enz-1、Enz-2反應
可透過修改glycosidases來反向合成出寡醣
glycosynthase
Glycosyltransferase (形成)
Donor
sugar nucleotides
type: Leloir
Leloir pathway
from Glc
Salvage pathway
Gal, Fuc, Man
glycosylphospholipids
type: non-Leloir
Acceptor
Mechanism (p.236-237)
inversion
SN2-like
retention
具有enzyme的中間體 (醣-Enz)
因尚未發現中間體因此有爭議
提出另一種機制: transition state
Probing Carbohydrate-Protein Recognition
X-ray
優點: 知結構、氫鍵、疏水作用
缺點: 結晶難度、生物關聯、配體可見性、無法知鍵能
Electrospray Mass
缺點: 離子化難度、無專一、配體解離
優點: 生物環境、小量、快速、鍵結及熱力學數據
Isothermal Titration Calorimetry
優點: 靈敏、可知鍵能及相關細節
缺點: 需大量蛋白質及配體
Saturation-Transfer Difference-NMR
優點: 貼近生物環境、可知結合親和力
缺點: 只能看見特定核與結構、配體結合力要求
Chemical Epitope Mapping (p.252-253)
探測醣上OH與蛋白質之間的作用
對醣上OH做修飾後ITC或ES-MS測鍵結
OH → H, OMe, F, NH₂