La question du sexe à l'état civil soulève de nombreuses problématiques juridiques et éthiques, en particulier en ce qui concerne les personnes intersexuées, celles dont les caractéristiques sexuelles (chromosomes, organes génitaux, hormones) ne correspondent pas aux standards du masculin ou du féminin. En droit français, la mention du sexe dans l'acte de naissance est traditionnellement déterminée par l'apparence des organes génitaux externes du nouveau-né. Cette approche est clairement inscrite dans l'article 57 du Code civil, qui impose l'assignation d'un sexe binaire, masculin ou féminin.
La décision de la Cour de cassation (4 mai 2017) a renforcé cette approche binaire en rejetant la possibilité d'un sexe neutre. Selon cette décision, la reconnaissance d'un sexe neutre dans les actes de l'état civil aurait des conséquences profondes sur l'organisation sociale et juridique en France, car elle remettrait en cause des règles et structures fondamentales du droit français, notamment la dualité des sexes. La Cour a ainsi affirmé que la question du sexe est un élément nécessaire à l'organisation sociale et juridique, ce qui rend difficile, voire impossible, l'acceptation d'une troisième catégorie juridique de sexe.
Cependant, lorsque le sexe d'un enfant est incertain au moment de la naissance, il est souvent catégorisé comme intersexué. L'intersexuation désigne les personnes présentant des variations du développement génital, et non une pathologie, car il s'agit d'une variation biologique naturelle. Les personnes intersexes peuvent avoir des caractéristiques génétiques, hormonales ou anatomiques qui ne s'alignent pas strictement sur les normes binaires de sexe masculin ou féminin. La loi française a commencé à mieux encadrer la prise en charge de ces personnes, mais elle reste en retrait sur certaines questions éthiques et médicales.
La loi de bioéthique du 2 août 2021 a apporté des améliorations dans la prise en charge des personnes intersexes, en particulier en ce qui concerne les centres de référence et les équipes pluridisciplinaires. Toutefois, cette loi n'a pas interdit les interventions chirurgicales précoces visant à modifier les organes génitaux des enfants intersexes pour les conformer aux représentations sociétales du féminin ou du masculin. Ces interventions, bien qu'elles soient censées répondre à des « besoins médicaux », sont souvent critiquées par les défenseurs des droits humains.
En effet, des condamnations internationales se sont multipliées contre ces pratiques, notamment celles de l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe (2013 et 2017), du Comité des droits de l'enfant des Nations Unies (2016), et du Comité contre la torture des Nations Unies (2016). Ces instances ont qualifié ces interventions de "traitements inhumains et dégradants", en particulier lorsqu'elles sont réalisées sans le consentement éclairé des personnes concernées.