Existen organismos autónomos que no integran la Administración Pública Federal, pero coadyuvan al cumplimiento de funciones esenciales del Estado, como lo son el Banco de México, la UNAM, el INE, la CNDH, el instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, la Comisión Federal de Competencia Económica, el Instituto Federal de Telecomunicaciones, el Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales y, el Instituto Nacional para la Evaluación de la Educación.