Escherichia coli es el microorganismo implicado con mayor frecuencia en estas infecciones y es el agente responsable en un 65-80% de los casos. En segundo lugar, suele encontrarse Proteus mirabilis y, con mucha menos recuencia, otros microorganismos como Enterococcus faecalis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Klebsiella pneumonia e y otros bacilos gramnegativos.