perbedaan pada pelafalan vokal e. Pada EYD pelafalan vokal e hanya diberikan dua contoh, yaitu (1) vokal e sebagaimana yang terdapat pada kata enak, petak, dan sore dan (2) vocal e sebagaimana yang terdapat pada kata (ii) emas, kena, dan tipe. Sementara itu, pada PUEBI contoh vokal e ditambahkan satu lagi, yaitu vokal e yang terdapat pada kata militer, ember, dan pendek.
perbedaan pada jumlah dan jenis diftong. Pada EYD jumlah diftong hanya disebut tiga, yaitu ai, au, dan oi, misalnya pada kata pandai, harimau, dan amboi. Sementara itu, pada PUEBI jumlah diftong ditambah satu, yaitu ei sehingga kata serapan dari bahasa Inggris survey kini dapat ditulis menjadi survei.
perbedaan dalam menulis huruf kapital. Pada EYD huruf kapital di antaranya digunakan pada huruf awal nama orang, gelar kehormatan, keturunan, dan keagamaan. Sementara itu, pada PUEBI huruf kapital juga digunakan pada huruf awal julukan, misalnya Jenderal Kancil, Dewa Pedang, dan sebagainya.
perbedaan dalam penulisan huruf tebal. Pada EYD huruf tebal tidak digunakan untuk menegaskan atau mengkhususkan penulisan suatu huruf, bagian kata, kata, atau kelompok kata (untuk keperluan itu digunakan huruf miring saja). Akan tetapi, pada PUEBI disebutkan bahwa huruf tebal di antaranya digunakan untuk menegaskan bagian tulisan yang sudah ditulis miring, misalnya dalam kalimat: Huruf dh pada kata Ramadhan tidak terdapat dalam Ejaan Bahasa Indonesia