Los primeros informes, en 1999, sugerían que, en un laboratorio, las orugas de la monarca tenían muchas más probabilidades de morir cuando se alimentaban de plantas de algodoncillo que habían sido espolvoreadas con polen de maíz Bt que de plantas de algodoncillo de control. Sin embargo, en 2001, un informe publicado en la revista Proceedings of the National Academy of Science no corroboró los resultados iniciales. Además, las larvas de monarca sólo sufrían daños cuando la liberación de polen se producía al principio de su desarrollo.
Los datos sobre la supervivencia de las larvas de monarca en y cerca de los campos de maíz Bt y no Bt recogidos en dos lugares, Nueva York y Iowa, no muestran ninguna diferencia marcada por la proximidad a los campos de maíz Bt o no Bt. Aunque los cultivos Bt pueden no ser la causa principal, el número de mariposas monarca ha disminuido drásticamente en los últimos 25 años . Los ciudadanos que se encuentran a lo largo de la ruta migratoria de las mariposas intentan proteger las poblaciones restantes cultivando algodoncillo en sus patios para las larvas, recopilando datos para continuar los estudios y abogando por la protección de los hábitats.