Orfila desarrolló muchas reformas importantes: la ampliación de los espacios para la enseñanza práctica de la Facultad de Medicina, la creación de nuevos museos de anatomía, la organización de laboratorios de química, la gestión de los cursos privados ofrecidos por profesores externos, la limitación del acceso a los estudiantes con la exigencia de más formación científica, y la reforma de las escuelas secundarias de medicina, donde se formaban los farmacéuticos y los “officiers de santé”, una titulación médica particularmente importante al mundo rural, que Orfila trató de eliminar.