La laringe, la traquea, los bronquiolos y las vias respiratorias inferiores suelen ser esteriles, aunque pueden ser colonizadas en forma transitoria por microorganismos de las vias aereas superiores.
En general, las infecciones del tracto respiratorio inferior se relacionan con las bacterias de la orofaringe mas virulentas como S. pneumoniae, S. aureus, H. influenzae y M. catarrhalis. Tambien las pueden producir enterobacterias, particularmente Klebsiella pneumonia