A CETIP era conhecida por seu ambiente de balcão que, diferentemente do ambiente de bolsa, oferece aos participantes uma maior flexibilidade para o registro da negociação de títulos e valores mobiliários de renda fixa, assim como registrar, custodiar e liquidar títulos públicos estaduais e municipais emitidos após 1992, títulos representativos de dívidas de responsabilidade do Tesouro Nacional, além de todos os créditos securitizados da União, da Dívida Agrícola, dos Títulos da Dívida Agrária e também dos certificados financeiros do Tesouro e principalmente a custódia de Derivativos de balcão.