A princípio, esteve encarcerado na cadeia do Limoeiro, de agosto a dezembro, quando foi levado para os cárceres do Santo Ofício. No ano seguinte, foi mandado para o convento de São Bento. Depois, para o Hospício das Necessidades, até ser libertado, em abril. No entanto, em 1802, novamente se viu sob a ameaça do Santo Ofício, ao ser acusado de fazer parte da maçonaria, porém o processo foi arquivado por ausência de provas.
