Las aduanas Interiores se ubican en el interior de la República Mexicana incluyendo aquellas que realizan despacho aduanero en Aeropuertos internacionales, estaciones de ferrocarril, y las que se hacen a través del régimen de tránsito interno, ubicadas en Chihuahua, Torreón, Monterrey, Guadalajara, Aguascalientes, Querétaro, Guanajuato, Toluca, CDMX, y Puebla. Se encuentran cerca de centros de producción y distribución por la gran cantidad de operaciones de comercio exterior buscando facilitar el cumplimiento de las obligaciones en materia aduanera.