Los fertilizantes y los pesticidas, al ser arrastrados por las lluvias, contaminan los ríos y los lagos. Por su parte, las filtraciones de las letrinas y los pozos sépticos, además de las actividades agrícolas, como la cría de pollos o cerdos, ubicados en las cercanías de manantiales y rios, constituyen la principal fuente de contaminación en el ámbito rural.