También hubo, en la sociedad de los siglos XVI y XVII, minorías perseguidas, como los moriscos o los gitanos. Con los mudéjares hubo conflictos desde que en 1499, tras la rebelión del Albaicín, los Reyes Católicos promulgaron la Pragmática de Conversión Forzosa, a la que siguió la rebelión de las Alpujarras en 1502.
