Los grupos que surgieron como partidos de oposición, por ejemplo el Partido de Acción Nacional (PAN) y el Partido Comunista Mexicano (PCM), querían aportar una voz distinta para equilibrar las fuerzas políticas. No obstante, carecían de medios de difusión para sus campañas, ya que la prensa y el radio solo prestaban cobertura a los candidatos del PRI. En cambio, parecía evidente que la intimidación, las desapariciones, el exilio y el encarcelamiento de opositores eran parte del régimen político.
En 1990 (en el gobierno de Carlos Salinas de Gortari), la apertura del Instituto Federal Electoral —renombrado como el Instituto Nacional Electoral (INE) en 2014
Elecciones de 1988. Se anuncia la caída del sistema en la tarde del día de las elecciones. El entonces Secretario de Gobernación, Manuel Bartlett, tarda una semana más en anunciar los resultados oficiales. El trece de julio se declara ganador a Carlos Salinas de Gortari.
Las elecciones de 1994 se dieron en un ambiente de incertidumbre tras el asesinato del candidato del PRI, Luis Donaldo Colosio, en marzo del mismo año. Por su parte, Cuauhtémoc Cárdenas volvió a contender por la presidencia, esta vez desde un nuevo partido que reunía en buena medida las corrientes de izquierda: el Partido de la Revolución Democrática (PRD). Los resultados de la votación dieron el segundo lugar a Diego Fernández de Cevallos por el PAN, y como presidente electo a Ernesto Zedillo por el PRI.
En las elecciones del año 2000, el candidato del PAN, Vicente Fox, ganó la presidencia de la República, en alianza con el Partido Verde Ecologista de México.