GERD terjadi akibat adanya ketidakseimbangan antara faktor ofensif dan defensif dari sistem pertahanan esofagus dan bahan refluksat lambung. Yang termasuk faktor defensif sistem pertahanan esofagus adalah LES, mekanisme bersihan esofagus, dan epitel esofagus. LES merupakan strukur anatomi berbentuk sudut yang memisahkan esofagus dengan lambung. Pada keadaan normal, tekanan LES akan menurun saat menelan sehingga terjadi aliran antegrade dari esofagus ke lambung. Pada GERD, fungsi LES terganggu dan menyebabkan terjadinya aliran retrograde dari lambung ke esofagus.Terganggunya fungsi LES pada GERD disebabkan oleh turunnya tekanan LES akibat penggunaan obat-obatan, makanan, faktor hormonal, atau kelainan struktural. Sedangkan yang termasuk faktor ofensif adalah peningkatan asam lambung, dilatasi lambung atau obstruksi gastric outlet, distensi lambung dan pengosongan lambung yang terlambat, tekanan intragastrik dan intraabdomen yang meningkat. Beberapa keadaan yang mempengaruhi tekanan intraabdomen antara lain hamil, obesitas, dan pakaian terlalu ketat