La organización del trasporte multimodal como sistemas o como servicios es bastante complejo. Lo anterior viene dado, por diferentes segmentos del trasporte (marítimo, aéreo, terrestres), las operaciones de acarreos de las mercancías, los transbordos en uno o varios modos, los tránsitos, la documentación, el personal que hace posible que realicen en forma eficiente las diferentes etapas de trasporte, las comunicaciones y muchos otros factores que son determinantes en la organización del trasporte multimodal como sistema operativo.