Las series más grandes de pacientes con EGC, en su mayoría documentan la neumonía recurrente como la principal condición clínica de estos pacientes, en algunas ocasiones asociadas con derrame pleural. Otras manifestaciones reportadas son linfadenopatías, granulomas, infecciones cutáneas, diarrea crónica, otitis, sepsis, abscesos (hígado, pulmón, área perianal, cerebro y riñón), infecciones de vías urinarias recurrentes y osteomielitis