Phan Bội Châu đả kích việc thực dân Pháp cấm giảng dạy lịch sử Việt Nam mà thay vào đó là lịch sử Pháp. ào tạo ra một tầng lớp công chức và chuyên viên phục vụ cho nền cai trị và công cuộc khai thác thuộc địa của Pháp. Phan Bội Châu chỉ trích nền giáo dục của thực dân Pháp ở thuộc địa là “chỉ dạy người Việt viết văn Pháp, nói tiếng Pháp, tạm thời làm nô lệ cho Pháp” Năm 1904, ông cùng Nguyễn Hàm và khoảng 20 đồng chí khác thành lập Duy Tân hội ở Quảng Nam để đánh đuổi Pháp, chọn Kỳ Ngoại hầu Cường Để – một người thuộc dòng dõi nhà Nguyễn – làm hội chủ. Mục đích của hội là đánh Pháp, giành lại độc lập cho tổ quốc, thành lâp thiết chế quân chủ lập hiến- theo đó vua có danh mà không có quyền. Hội nghị thành lập Hội đề ra 3 nhiệm vụ trước mắt như sau: +Xúc tiến việc chuẩn bị bạo động và các công việc sau đó +Phát triển thế lực hội về người cũng như về tài chính +Chuẩn bị xuất dương cầu viện, xác định phươn châm và thủ đoạn xuất dương Trong ba nhiệm vụ trên, thì nhiệm vụ thứ ba hết sức quan trọng và bí mật, nên Duy Tân hội đã cử Phan Bội Châu và Nguyễn Hàm tự định liệu. Theo đó, đây là tiền đề cho phong trào Đông Du sau này. Năm 1905, ông cùng Đặng Tử Kính và Tăng Bạt Hổ sang Trung Quốc rồi sang Nhật Bản, để cầu viện Nhật giúp Duy Tân hội đánh đuổi Pháp. Tại Nhật, ông gặp Lương Khải Siêu, một nhà cách mạng người Trung Quốc, và được khuyên là nên dùng thơ văn (nghe lời Phan Bội Châu viết Việt Nam vong quốc sử) để thức tỉnh lòng yêu nước của nhân dân Việt Nam. Lại nghe hai nhân vật quan trọng của Đảng Tiến Bộ đang cầm quyền ở Nhật Bản, là Bá tước Ôi Trọng Tín và Thủ tướng Khuyển Dưỡng Nghị khuyên là nên cổ động thanh niên ra nước ngoài học tập để sau này về giúp nước.