Lesi primer LGV muncul dalam bentuk papul yang tidak nyeri, pustul, nodul, erosi yang dangkal, atau ulkus herpetiform. Lesi muncul setelah masa inkubasi selama 3-30 hari. Lokasi lesi primer LGV pada laki-laki paling sering di sulkus koronarius, frenulum, preputium, penis, glans penis, skrotum sedangkan pada wanita di dinding vagina posterior, fourchette, serviks posterior dan vulva. Lesi primer bersifat sementara, membaik dalam waktu 1 minggu dan dapat tidak diketahui apabila terdapat lesi di uretra, serviks atau rektum. Sekret mukopurulen dari uretra, serviks atau rektum dapat muncul tergantung pada tempat inokulasi.