LGV disebabkan oleh Chlamydia trachomatis, yang merupakan organisme bersifat seperti bakteri dalam pembelahan sel, metabolism, struktur, maupun kepekaan terhadap antibiotika dan kemoterapi, dan sebagian lagi bersifat seperti virus yaitu memerlukan sel hidup untuk berkembang biaknya (parasite obligat intrasel). Terdapat >20 serovar (immunotype): Trachoma : Serovar A, B, Ba, dan C. Mucosal PHS: Serovar D-K (paling sering pada PHS bacterial). Invasive PHS: Serovar L1, L2, L3.