Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Materi Penunjang Teknologi DNA Rekombinan - Coggle Diagram

- - - - DNA genomik/kromosom
    - - mRNA
  - - - N= 1n (1 - P) / 1n (1 - f)
        
        N = banyaknya rekombinan
        
        P = peluang yang diinginkan
        
        f = nisbah panjang fragmen
  - - - Molekul bermuatan listrik dipisahkan
        
        berat molekul
        
        muatan listiknya
      - Khusus DNA dipisahkan menurut
        
        ukuran & konformasi
        
        struktur fisik molekulnya
  - - - pelacak DNA (DNA probe)
        
        Hibridisasi koloni dan plak
        
        Skrining ekspresi
        
        Penghambatan dan pelepasan translasi oleh hibrid
        
        Southern blotting dan Northern blotting
  - - - sonikasi
      - digseti
- - - - Sebagai kendaraan pembawa fragmen DNA
    - - E. coli
        
        Plasmid
        
        Bakteriofag
        
        Kosmid
        
        Fasmid
  - - - ukuran relatif kecil
      - terdapat awal replikasi (ori)
      - terdapat dua gen marker
      - terdapat pengenalan retriksi dalam salah satu marker
  - - - sepanjang 32 - 47 kb
  - - - virus yang sel inangnya berupa bakteri.
      - Sifat
        
        litik atau lisogenik
    - - Bakteriofag atau fag
        
        vektor insersional
        
        mudah disisipi fragmen DNA asing
        
        vektor substitusi
        
        pembawa fragmen DNA asing
      - Bakteriofag M13
        
        Ciri - ciri
        
        berupa untai ganda tunggal DNA
        
        sepanjang 6.408 basa
        
        infeksi melalui pili
        
        penonjolan permukaan sitoplasma
        
        saat berada dalam sel iang
        
        berubah menjadi untai ganda sirkuler
  - - - berisi tempat att
        
        sebagai integrasi dengan kromosom sel inang pada fase lisogenik
  - - - antara DNA plasmid & DNA kromosom khamir.
    - - dirancang dengan plasmid 2 mikron
    - - menginfeksi tanaman dikotil seperti tomat
        dan tembakau serta tanaman monokotil, khususnya padi.
    - - virus yang menginfeksi serangga
    - - SV40
        
        menginfeksi berbagai spesies mamalia
      - Retrovirus
        
        genom berupa RNA untai tunggal yang ditranskripsi
        balik menjadi DNA untai ganda setelah terjadi infeksi.
- - - - sebagai cetakan (templat)
    - - sebagai prekursor (primer)
    - - dNTP (dATP, dGTP, dCTP, dTTP)
      - enzim DNA polimerase
  - - - Denaturasi templat
        
        pasangan untai DNA dipisah menjadi untai tunggal
        
        tiap untai tunggal ditempeli primer
      - Penempelan primer
        
        2 primer menempel di untai tunggal DNA templat
        
        primer maju (forward primer)
        
        primer mundur (reverse
        primer)
      - Polimerisasi primer
        
        dari tempat penempelannya
        
        hingga ujung 5' DNA templat
        
        lalu akan diperoleh dua pasang untai DNA
  - - - daerah lestari (conserved area)
        
        menjadi urutan basa primer
    - - mengetahui kemungkinan terjadinya primer-dimer
        
        homologi sendiri (self-homology) atau
        
        homologi silang (cross-homology)
        
        salah tempel (mispriming)
        
        penempelan primer di luar sekuens target.
      - mengetahui titik leleh (Tm)
        
        masing-masing primer
        
        kandungan GC-nya.
- - - - metode kimia
        
        fragmen DNA yang disekuens dilabeli salah satu ujungnya
        
        menggunakan fosfat radioaktif/nukleotida ujung 3'
      - diterapkan pada DNA untai ganda dan tunggal
      - Tahapan
        
        dipotong secara parsial menggunakan piperidin
        
        basa dimodifikasi dgn bahan kimia tertentu.
        
        pengaturan masa inkubasi
        
        menghasilka berbagai macam ukuran fragmen DNA
        
        Dimetilsulfat (DMS) akan
        memetilasi basa G
        
        asam format menyerang A dan G
        
        hidrazin akan menghidrolisis C dan
        T
        
        Dihasilkan 4 fragmen
        
        ujung
        G
        
        ujung A atau G
        
        ujung C atau T
        
        ujung C
    - - memanfaatkan 2 sifat salahsatu sub unit enzim
        
        fragmen klenow
        
        untuk menyintesis DNA dengan adanya dNTP
        
        ketidakmampuan
        membedakan dNTP dengan ddNTP
      - menggunakan metode dideoksi
  - - - Eropa
        
        EMBL
      - Amerika Serikat
        
        GenBank
    - - paket GCG Universitas
        Wisconsin
      - DNAstar
  - - - E. coli
      - Saccharomyces cerevisiae