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微生物基因 - Coggle Diagram

- - - - rRNA
        
        皆單股二級結構
        
        16s, 18s
    - - 定序
        
        以確定親緣
        
        multilocus sequence typing(MLST)
        
        定序比較5-7個house keeping gene
        
        house keeping gene是每個細胞存活的必要基因
        
        genomic fingerprinting
        
        鑑定親緣
        
        先PCR放大
        
        用限制酶切
        
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        amino-acid sequencing
        
        用cytochromes, histone, heat-shock
        三種蛋白的氨基酸序列定序
        
        先電泳分開蛋白質
        
        用抗體認三種蛋白
        
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    - - 分析的模式
        
        structural genomic
        
        看基因體的大小和長度、ATCG
        
        whole-genome shotgun sequencing
        
        1.建立資料庫
        
        random sequencing
        
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        Bioinformatics
        
        電腦分析
        
        annotation
        
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        functional genomic
        
        看基因體蛋白質功能
        
        comparative genomic
        
        分類蛋白質間的關係
  - - - vertical gene transfer垂直
        
        親代給子代
      - horizontal gene transfer水平
        
        donor cell-recipient cell
        
        transformation
        
        微生物從外界獲取DNA
        
        competence cell : recipient cell接收外來DNA的能力
        
        conjugation pilus : 細菌-細菌間交換物質用
        
        donor cell(F+) : 含F factor
        (F factor上有pilus基因)
        
        recipient cell(F-) : 不含F factor
        (只有完全沒有F factor的才能作為recipient)
        
        ori T作為F factor的複製起始點
        
        high frequency of replication(Hfr)
        
        F factor已經融入到chromosome裡了
        
        donor Hfr+ cell
        
        recipient F- cell
        
        transduction
        
        virus幫助基因交換
        
        lytic cycle
        
        lysogenic cycle
        
        應用
        
        transgenic plant
        
        ex. Agrobacterium tumefaciens膿桿菌
        
        帶有Ti-plasmid : 此質體會誘發植物腫瘤，使植物細胞能大量增生出目標蛋白
        
        將目標DNA(T-DNA)剪貼到Ti-plasmid
        
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        EX. 抗蟲害
        
        Bacillus thuringgiensis舒力菌
        
        轉殖microbial toxin insecticide基因，
        可產生Bt-toxin抗蟲害