Em geral, o trombo causador da EP origina-se de veias dos MMII ou de veias pélvicas, embora. recentemente, tenha ocorrido um aumento exponencial de EPs cujos trombos se originam de veias de MMSS (em razão de cateter central em UTls e de quimioterapias em acesso central). Uma vez na vasculatura pulmonar, o trombo exerce um efeito mecânico, obstruindo segmentos da artéria pulmonar e reduzindo a pré-carga, mas também ocasiona uma série de efeitos secundários em razão da liberação de substâncias vasoativas e inflamatórias. A obstrução vascular anatômica, junto com a vasoconstrição secundária a liberação de tromboxano A2 e serotonina, contribui para o aumento da resistência vascular pulmonar. Dessa forma, o ventrículo direito agudamente tem de manter o débito às custas de maiores pressões na vasculatura pulmonar. A extensão dessa resposta adaptativa é limitada, o que pode levar à dilatação de ventrículo direito e uma série de consequências negativas para o sistema cardiovascular e respiratório.