El COAM tiene una sección dedicada al manejo de los recursos marinos, en el cual establece las directrices para su aprovechamiento como son: el mantenimiento de la diversidad, calidad, disponibilidad de los recursos pesqueros, conservación de los ecosistemas, evitar la sobreexplotación de los recursos, basarse en criterios científicos y en conocimientos tradicionales. Todo esto con el fin de proteger este ecosistema y los demás que dependen del mismo.