Después de varias denuncias realizadas por varios miembros del clero, la denuncia llegó a manos de Ramón Casaús y José Luis Guzmán, ambos inquisidores. Gracias a esto, se tomó la decisión de indagar en la situación de Hidalgo,Guzmán consideraba a Hidalgo como un hombre estudiado con una mente lúcida, sin embargo por el contrario su compañero lo consideraba un pecador, ya que hidalgo constantemente sobreponía las leyes y la ciencia a la Fé de Dios. Afortunadamente, no encontraron las pruebas suficientes como para apresar a Hidalgo, fue entre 1807 y 1808 donde se presentan otras dos denuncias de Miguel Catillblanque y María Manuela de Herrera; todas estas situaciones pasaron desapercibidas por el Tribunal de la Santa Inquisición hasta que comenzó la Guerra de Independencia.
