O SISTEMA IMUNE INATO RECONHECE ESTRUTURAS MOLECULARES QUE SÃO PRODUZIDAS PELOS VÍRUS, ESSAS SUBSTÂNCIAS ESTIMULAM A IMUNIDADE INATA (PAMP’S - SSRNA, DSRNA, CPG) O SISTEMA INATO RECONHECE PRODUTOS QUE SÃO ESSENCIAIS PARA SOBREVIVÊNCIA DOS MICRORGANISMOS, ISSO É IMPORTANTE PARA QUE OS VÍRUS NÃO POSSAM EVADIR AO RECONHECIMENTO PELO HOSPEDEIRO. COMO POR EXEMPLO, UM DOS ALVOS DA IMUNIDADE INATA É O RNA VIRAL DE FITA DUPLA, QUE É UM INTERMEDIÁRIO ESSENCIAL NA VIDA DE MUITOS VÍRUS.
EM CONTRA PARTIDA OS VÍRUS PODEM SOFRER MUTAÇÕES OU PERDER ANTÍGENOS QUE SÃO RECONHECIDOS PELO SISTEMA IMUNE ADAPTATIVO, PERMITINDO QUE O MICRORGANISMOS ESCAPE DA DEFESA DO HOSPEDEIRO.