Entre 1535 y 1540, los Montejo se ven ocupados por otras funciones y actividades en México y Centroamérica. Entre tanto, a Yucatán ingresaron misiones franciscanas, que vieron obligados a retirarse bajo amenazas a sus vidas y aquellos momentos ocurrieron algunos enfrentamientos entre pueblos enemigos mayas. En 1540, francisco de Montejo el mozo, se desempeña como teniente gobernador de tabasco. en este avance definitivo los españoles van estableciendo y consolidando asentamientos en Champotón, Campeche y Mérida (esta ultima en 6 de enero de 1542), hacen alianzas con diversos grupos y se enfrentan exitosamente con los cocomes y cupules. Para 1546 la conquista de Yucatán esta prácticamente concluida, no obstante, el 8 y 9 de noviembre de ese mismo año los mayas, dirigidos por los cupules, realizaron un ultimo levantamiento sitiando Valladolid, que es rescatada por las tropas enviadas desde Mérida. Este ultimo conflicto sirvió a los españoles para terminar de someter las ultimas regiones autónomas que quedaban, en Yucatán, haciendo que los mayas que aun permanecían rebeldes se retiraron hacia las montañas y hacia Guatemala.
