Aunque toda la fauna de las islas tiene sus ancestros en el continente, ha evolucionado de manera aislada durante más de 4 millones de años. Un ejemplo de diversidad y endemismo se ejemplifica con especies únicas como petreles, cormoranes, gavilán de Galápagos, pingüinos, iguanas terrestres y marinas.Con respecto a la fauna terrestre en las islas existen 17 especies de mamíferos, 152 aves, 22 reptiles y cerca de 2 000 invertebrados.