Durante os anos em que o Talibã esteve no poder do Afeganistão, outro grupo fundamentalista islâmico se estabeleceu no país: a Al-Qaeda. Essa organização também surgiu na fronteira do Afeganistão com o Paquistão, só que na década de 1980, quando da invasão soviética ao Afeganistão. A Al-Qaeda teve como um de seus fundadores o saudita Osama bin Laden, que tinha sido um mujahidin na luta contra os soviéticos. A Al-Qaeda se colocou como uma organização que rejeitava a influência da cultura ocidental e passou a defender que a sua interpretação radical do islamismo fosse levada para outros locais do planeta. No Afeganistão, a Al-Qaeda montou uma série de bases para treinamento de terroristas, e, a partir de 1998, deu início a ações contra os Estados Unidos, como o atentado às embaixadas norte-americanas na Tanzânia e no Quênia. Essas ações eram entendidas pelo grupo como uma manifestação da jihad — a guerra santa em defesa do islamismo no planeta.
