Funciona en Pleno y Salas (art. 27, de la LOTSJDF). El Pleno se compone por los 79 magistrados que integran el Tribunal y tiene, entre otras nuevas facultades, la de resolver las contradicciones de criterios generales sustentados por las salas y los magistrados, así como “expedir los acuerdos generales y demás disposiciones reglamentarias para el acuerdo de ejercicios de sus propias funciones y de las relativas a la función jurisdiccional del Tribunal Superior de Justicia del Distrito Federal, del Servicio Medico Forense y de los órganos Judiciales “ (art. 32, fraccs. III y V LOTSJDF).
El presidente del Tribunal, que es electo por el Pleno para un periodo de tres años y solo se puede ser reelecto para el periodo siguiente, no integra sala y tiene, entre otras funciones, las de representar a Tribunal en los actos oficiales, presidir las sesiones y dirigir los debates del pleno, así como tramitar todos los asuntos del Pleno hasta ponerlos en estado de resolución (arts. 33, 36 fracc. I, y 37 fraccs. I, III y V).
Los restantes 78 magistrados integran 26 salas del Tribunal, cada una de las cuales se forma por tres magistrados. La competencia de las salas se encuentra especializada en cuatro materias: civil (10 salas), penal (9 salas), de justicia para adolescentes (2 salas) y familiar (5 salas) (arts. 38, 43, 44, 44 bis y 45).