lo scopritore fu Pedro Álvares Cabral, che avvistò terra il 21 aprile e arrivò all'attuale Porto Seguro, nello stato di Bahia, il 22 aprile del 1500.L'occupazione effettiva però ebbe inizio nel 1532 con la fondazione di São Vicente, grazie a Martim Afonso de Sousa, donatario di due capitanie (concessioni amministrative concesse dal re portoghese), insieme con la capitania della Nova Lusitânia (Pernambuco), ma entrambe faticavano a prosperare.
Insoddisfatto, Giovanni III del Portogallo decise di creare un governo centrale per correggere i problemi e abolire le capitanie. Fu inviato Tomé de Sousa come primo governatore generale che il 29 marzo 1549 fondò la città di Salvador come capitale del Brasile.
Durante il XVI secolo ebbe inizio la schiavitù, inizialmente quella degli indigeni e, a partire dagli ultimi decenni del secolo, anche quella di alcune popolazioni africane, già utilizzate dai portoghesi nella madre patria. Nello stesso secolo cominciarono anche le prime esplorazioni dell'interno del Brasile, da parte soprattutto dei cosiddetti bandeirantes.