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ALGORTIMOS HEURÍSTICOS PARA MSA - Coggle Diagram
ALGORTIMOS HEURÍSTICOS PARA MSA
PROGRESIVO
CLUSTAL
ETAPAS
Creación de un árbol guía (con la matriz de distancias pares)
Alineamiento progresivo del resto de secuencias
Programación dinámica
Sigue el orden del árbol guía
frente a secuencias consenso
Alineamiento por pares (programación dinámica)
PROBLEMAS
Propagación de errores si el par inicial es muy divergente
No adecuado para secuencias de diferente longitud
Influenciado por el orden de las secuencias
ITERATIVO
MUSCLE
ETAPAS
Modificar el árbol guía
Revisar puntuación y ver si mejora
Realizar realineamientos
VENTAJAS
Deshace la dependencia del par inicial
Reduce errores de los progresivos
suele introducir menos gaps
Preciso y rápido
CONSISTENCIA
T-COFFEE
ETAPAS
Generar biblioteca de alineamientos globales y locales de pares
Extensión de la biblioteca
Usar terceras secuencias para modificar la puntuación del par
Alineamiento progresivo con programación dinámica
CARACTERÍSTICAS
Inadecuado para muchas secuencias
Es la mejor opción