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ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA - Coggle Diagram
ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA
PROGRESIVO
CLUSTAL
ETAPAS
Creación de un árbol guía
con la matriz de distancias entre pares
Alineamiento PROGRESIVO del resto de secuencias
Programacion dinamica
sigue el orden del árbol guía
frente a secuencias "consenso"
Alineamiento de pares (programación dinámica)
problemas
no adecuado para secuencias de diferente longitud
influenciado por el orden de las secuencias
propagación de errores sin el par inicial es muy divergente
ITERATIVO
MUSCLE
ETAPAS
Modificar el árbol guía
Revisar puntuación y ver si mejora
Realizar realineamientos
ventajas
deshace la dependencia del par inicial
reduce errores de los progresivos
suele introducir menos gaps
preciso y rápido
CONSISTENCIA
T-COFFEE
ETAPAS
Extensión de la biblioteca
usar terceras secuencias para modificar la puntuación del par
Alineamiento progresivo con programación dinámicas
Generar biblioteca de alineamientos globales y locales de pares
caracteristicas
inadecuado para muchas secuencias
es la mejor opcion