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ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA - Coggle Diagram
ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA
PROGRESIVO
CLUSTAL
ETAPAS
Crear un árbol guía (con matriz de distancias entre pares)
Alineamiento PROGRESIVO del resto de secuencias
Sigue el orden del árbol guía
Frente a secuencias consenso
Programación dinámica
Alineamiento por pares (programación dinámica)
PROBLEMAS
No es adecuado para secuencias de diferente longitud
Está influenciado por el orden de las secuencias
Propagación de errores si el par inicial es muy divergente
ITERATIVO
MUSCLE
ETAPAS
Modificar el árbol guía
Revisar puntuación y ver si mejora
Realizar realineamientos
VENTAJAS
Reduce errores de los progresivos
Suele introducir menos gaps
Deshace la dependencia del par inicial
Es más preciso y rápido
CONSISTENCIA
T-CPFFEE
ETAPAS
Extensión de la biblioteca
Usar terceras secuencias para modificar la puntuación del par
Alineamiento progresivo con programación dinámica
Generar biblioteca de alineamientos globales y locales de pares de secuencias
CARACTERÍSTICAS
Inadecuado para muchas secuencias
Habitualmente es la mejor opción