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ALGORITMOS HEURÍSTICOS PARA MSA - Coggle Diagram
ALGORITMOS HEURÍSTICOS PARA MSA
PROGRESIVO
CLUSTAL
ETAPAS
crear un árbol guía
matriz de distancias entre pares
alineamiento progresivo del resto de secuencias
programación dinámica
sigue el orden marcado por el árbol
frente a secuencias consenso
alineamiento por pares (programación dinámica)
PROBLEMAS
no adecuado para secuencias de diferente longitud
influenciado por el orden de las secuencias
propagación de errores si el par inicial es muy divergente
ITERATIVO
MUSCLE
ETAPAS
modificar el árbol guía
revisar puntuación y ver si mejora
realizar realineamientos
VENTAJAS
deshace la dependencia del par inicial
reduce errores de los progresivos
suele introducir menos gaps
preciso y rápido
CONSISTENCIA
T-COFFEE
ETAPAS
extensión de la biblioteca
usar terceras secuencias para modificar la puntuación del par
generar biblioteca de alineamientos globales y locales de pares de secuencias
CARACTERÍSTICAS
inadecuado para muchas secuencias
alineamiento progresivo con programación dinámica