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NGS - Coggle Diagram
NGS
TERCERA GENERACION (secuenciación a tiempo real SMRT)
PACIFIC BIOSCIENCE
nucleótidos con fluoróforo
mide cambio de actividad de la polimerasa con la adición de un nucleótido
polimerasa + ADN molde fijadas en pocillo
OXFORD NANOPORE
mide cambio de voltaje al pasar secuencia por un poro
ventaja: secuencias mucho más largas (long reads)
se usa una sola secuencia de ADN (sin amplificar)
SEGUN METODO DE SECUENCIACION
POR LIGACION
MARCA: SOLID
SECUENCIACION EN ESCALERA POR LIGACION DE ADAPTADORES
no usa polimerasa
en desuso: secuencias cortas (50 bp) y errores en palíndromos
POR SEMICONDUCTORES
MARCA: ION TORRENT
DETECCION ELECTROQUIMICA POR VARIACION DE PH AL AÑADIR NUCLEOTIDO
ventajas: nucleótidos naturales / sin láseres / sin fluoróforos
PIROSECUENCIACION
MARCA: 454 ROCHE
ADICION DE NUCLEOTIDO GENERA BIOLUMINISCENCIA (gracias a enzima LUCIFERASA)
no usa fluoróforos
CRT (CYCLIC REVERSIBLE TERMINATION)
MARCA: ILLUMINA
NUCLEOTIDO CON EXTREMO 3 BLOQUEADO
ELIMINACION FLUOROFORO GENERA LUZ Y NUCLEOTIDO LIBRE PARA SEGUIR REACCIÓN
SEGUN PREPARACION DE DNA
PCR EN EMULSION
MARCAS
SOLID (APPLIED BIOSYNTESIS)
454 ROCHE
MICRORREACTOR = ESFERA CON PRIMERS
PCR EN PUENTE (BRIDGE)
MARCA: ILLUMINA