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OMICAS - Coggle Diagram
OMICAS
PROTEOMICA
SEPARACION DE PROTEINAS (CROMATOGRAFIA LÍQUIDA LC O DE GASES GC)
IDENTIFICACION Y CUANTIFICACION (ESPECTROMETRÍA DE MASAS)
ionizar proteina en fase gaseosa
ESI (electrospray)
MALDI (desorción láser asistida por matriz)
APLICACIONES
mecanismos moleculares de patogenicidad
nuevos fármacos
descubrir biomarcadores
INTERACTOMA
Interacción entre proteinas
ESTRUCTURAL
cristalografia Rayos X
espectroscopia de RMN
METABOLOMICA
lípidos, azúcares, aminoácidos, vitaminas
LIPODOMICA, GLUCOMICA
estudio de perfiles metabólicos (cuantitativo)
TECNICAS
RMN
MS (espectrometría de masas)
huella metabólica: efecto de enfermedades/toxinas/fármacos
medicina personalizada
BBDD rutas metabólicas: KEGG / REACTOME
GENOMICA
SECUENCIACION
Secuenciación clásica (Sanger)
Secuenciación de nueva generación (NGS)
aplicaciones
variaciones nº de copias
variaciones estructurales
identificar SNP e indels
ventajas con Sanger
menos errores
más barato, rápido y automatizado
BBDD SRA (Short read archives)
reads -> contigs -> scaffolds
EPIGENOMICA
modificaciones de la CROMATINA
regulación expresión génica
ejemplos
metilación citosinas
modificacion de histonas
metilacion
fosforilación
acetilacion
efecto del tabaco, edad, sexo, obesidad....
METAGENOMICA
bibliotecas metagenómicas
conjunto de genomas de un ambiente
aplicaciones
industria
terapias médicas
medio ambiente
ejemplos
Proyecto Europeo MetaHIT (Tracto intestinal)
Proyecto Microbioma humano (USA)
FARMACOGENOMICA
Respuestas individuales a medicamentos
genes relevantes
proteinas de transporte
moléculas mediadoras
enzimas metabólicas
TRANSCRIPTOMICA
TECNICAS
MICROARRAYS (CHIPS)
marcaje de cDNA con fluorescencia
hibridar muestras con sondas
analisis de imagen/cuantificar intensidad
ejemplo: GENECHIPS de Affymetrix
2 Colores (competitivo) / 1 color
RNA-seq (similar a NGS)
construir biblioteca de cDNA
ficheros FASTAQ
alinear con genomas o genes
ventaja: identificar nuevos transcritos (variantes de splicing)
inconveniente: alguna sustitución de bases (más al final de la secuencia
RNA convertido a cDNA
estudios de diferencia de expresión
cél madre / diferenciada
normal / tratamiento
sano/enfermo
BASES DE DATOS
GEODATASETS
GEOPROFILES